Kafka tahab kaijusid koristada, aga mitte otseses mõttes! Kas äkiline metamorfoos seisab tema unistusele teel?
Maailma kõrgeimate kaiju tekkimise määradega pole Jaapanile surmavad koletiste rünnakud võõrad. Siseneb Japan Defense Force, sõjaline organisatsioon, mille ülesanne on kaijude neutraliseerimine. Kafka Hibino, kaijude laipade koristaja, on alati unistanud selle jõuga liitumisest. Kuid kui ta saab teise võimaluse oma lapsepõlveunistust saavutada, läbib ta ootamatu muutuse. Kuidas saab ta nüüd kaijude vastu võidelda, kui ta on ise üheks saanud?!
Defense Force'i viimane test on lõppenud, kuid eksaminandide väljakutsed pole veel läbi. Salapärane humanoidne kaiju elustab neutraliseeritud honju ja ässitab selle Kikoru Shinomiya kallale. Just siis, kui Kikoru tundub olevat oma piiride peal, tormab Kafka talle appi! Aga mis on humanoidse kaiju eesmärk?