Tegevus toimub väljamõeldud 19. sajandi Inglismaal. D.Gray-Man on lugu Allen Walkerist, 15-aastasest poisist, kes rändab mööda Maad, otsides Innocence'i. Suure Veelaine järel tundmatutesse maailmaosadesse uhutud, on Innocence salapärane aine, mida kasutatakse relvade loomiseks, mis hävitavad akuma nime all tuntud deemoneid.