Neetud teismeline poiss päästab inimkonna, ühe hinge korraga.
D.Gray-man on lugu Allen Walkerist, kes rändab väljamõeldud 19. sajandi Maal, otsides Innocence'i – salapärast ainet, mida kasutatakse deemonite, tuntud kui akuma, vastu võitlemiseks.
Allen Walker jätkab lugu oma minevikust orvust lapsena, kes töötas tsirkuses. Tollal kutsuti teda Redarmiks ja ta teadis elust vähe peale viletsuse. Küll aga sõbrunes ta ühe klouni, Campbelli ja tema koera Alleniga. Teine kloun, Cosmo, vihkas nii Campbelli kui ka Redarmi ja sooritas jälestusväärse teo nende piinamiseks. Samal ajal jõudis Alleni tulevane meister, Cross Marion, lõpuks pika ja tabamatu saagi jahtimise lõpuni.